أسند للمستشفى الجهوي بقفصة 4 أقسام جامعية بقرار من وزارة الصحة ووزارة التعليم العالي والبحث العلمي. وهذه الأقسام هي قسم الطب الباطني وقسم الجراحة العامة، وقسم الإنعاش الطبي وقسم الطب الشرعي. وأكد المدير الجهوي للصحة بقفصة سالم ناصري أن هذه الأقسام سيتم تعزيها بأطباء آخرين.